Palindrom
Språkliga palindrom
Ska kunna läsas framlänges lika bra som baklänges
"Anna", "Naturrutan", "Galna anlag", "I Reval sitta ni alla i natt i slaveri" o.s.v.
DNA-palindrom
Ska också kunna läsas lika bra framlänges som baklänges.
- Men kom ihåg: DNA-molekylen läses endast av i 3'→5'-riktning
Därför är
3'-TTAGCACGTGCTAA-5'
ett palindrom. Varför? Jo, titta vad som händer om vi sätter på den komplementära strängen också (kom ihåg att DNA-molekylen är antiparallell!):
3'-TTAGCACGTGCTAA-5'
5'-AATCGTGCACGATT-3'
Om man läser av den undre strängen i 3'→5'-riktning blir det exakt samma som om man läser av den övre i 3'→5'-riktning!
Palindrom kan ge upphov till hårnålsöglor i enkelsträngat RNA (och DNA)
Titta på följande RNA-sträng (enkelsträngad):
3'-CCGGAAAACCGG-5'
Den kan "kröka tillbaka" och baspara med sig själv (adenin-baserna ingår inte i basparningen):
3'-CCGGaa
5'-GGCCaa
Hårnålsöglor kan ge upphov till viktiga strukturer
tRNA har en viktig funktion i proteinsyntesen
Innehåller tre hårnålsöglor
Ger tRNA-molekylen en mycket speciell struktur
tRNA(phe) från jäst, Saccharomyces cerevisiae. tRNA från Saccharomyces cerevisiae.
- Utan denna struktur fungerar inte tRNA-molekylen som den ska!
Restriktionsenzymer
Repetition från Biologi 1: Vad är ett enzym?
Ett protein, som kan katalysera en viss reaktion = påskyndar en viss reaktion, utan att själv förbrukas
Restriktionsenzymer "klipper" i DNA
På kemiska: Restriktionsenzymer katalyserar klyvningen av DNA på specifika ställen
Dessa ställen kallas klyvningsställen.
Klyvningsställena är palindromer!
Olika restriktionsenzymer har olika klyvningsställen.
Exempel
- EcoRI: 5'-G^AATTC-3' (klibbig ände)
- BamHI: 5'-G^GATCC-3' (klibbig ände)
- HindIII: 5'-A^AGCTT-3' (klibbig ände)
- ThaI: 5'-CG^CG-3' (trubbig ände)
Stereoskopisk bild av BamHI, komplexbundet med DNA.
Mutationer
DNA kan utsättas för angrepp
Livsviktigt att skadorna kan repareras!
Deaminering av cytosin
Deaminering av cytosin. Cytosin kan spontant omvandlas till uracil
Den felaktiga uracilen kan bytas ut direkt!
- Uracil ska ju bara finnas i RNA
- Om det plötsligt finns ett U i DNA-molekylen, "vet" cellen att det borde vara ett C!
Om cytosinet deamineras, kan ett GC-par bytas ut mot ett AT-par.
