>
Molekylärgenetikens centrala dogm. Vad är ett protein?
En polymer av aminosyror. (Ibland ingår även prostetiska grupper.)
Proteiner består av långa kedjor av aminosyror.
Man kan dela in proteiner i åtta grupper beroende på deras funktion (boken vill visserligen dela in dem i bara två, men det är ingen bra idé!):
Av alla proteintyper ska vi framför allt fokusera på två: Enzymer och Strukturproteiner ("fiberproteiner")
Annons |
|
Bygger upp biologiska vävnader
Protein, som katalyserar en specifik reaktion
"Globulära"
Strukturen!
I translationen (på den här länken finns det en fin animering av translationen, och på den här länken finns en förklaring av den) kopplas aminosyror samman till en lång kedja. En lång kedja av aminosyror kallas en polypeptid.
En del av primärstrukturen hos ett enzym som kallas alkoholdehydrogenas.
När två aminosyror kondenseras bildas en peptidbindning:
Peptidbindningen är markerad i ljusblått. R1 och R2 är aminosyrornas sidogrupper.
Två aminosyror som sitter ihop bildar en dipeptid. Tre bildar en tripeptid, fyra en tetrapeptid o.s.v. En oligopeptid består av ett "fåtal" sammansatta aminosyror och en polypeptid av "många".
Den ena änden av en polypeptid kommer alltid att sluta i –NH2.
Den andra änden av polypeptiden kommer alltid att sluta i –COOH.
Vanligtvis skriver man peptider med N-terminal till vänster och C-terminal till höger (från N- till C-terminal). När proteinet tillverkas i translationen, görs det också från N-terminal till C-terminal.
Peptidkedjan kan vridas och vändas fram och tillbaka. Man har identifierat ett antal olika typer av strukturer. De viktigaste är α-helix och β-platta.
Består av en peptidkedja som vrider sig runt sig själv och bildar en skruv (helix).
Peptider som ligger parallellt med varandra bildar plattor. Dessa kallas för β-plattor.
Sekundärstrukturer: α-helixar (röda) och β-plattor (gula).
Tertiärstrukturen anger hur sekundärstrukturerna ligger i förhållande till varandra i tre dimensioner.
Om ett protein består av två eller flera subenheter, har det också en kvartärstruktur. Den anger hur subenheterna ligger i förhållande till varandra i 3D.
Alkoholdehydrogenas består av två peptidkedjor. Den ena kedjan har här färgats grön.
α-helixar och β-plattor hålls samman med vätebindningar. Vätet som binder till kväve i en peptidbindning binder till syret i en annan peptidbindning.
α-helixen hålls samman med vätebindningar (streckade).
β-plattan hålls också samman med vätebindningar (streckade).
Tertiärstrukturer hålls samman med disulfidbryggor och intermolekylära bindningar: Hydrofoba interaktioner (van der Waals-bindningar), "jonbindningar"/dipol-dipol-bindningar och vätebindningar.
< | Kunskapsmål och nyckelbegrepp i Biokemi | Enzymer | > |