Magnus Ehingers undervisning

Allt du behöver för A i Biologi, Kemi, Bioteknik, Gymnasiearbete m.m.

Tips: Skriv strukturformler med ChemDoodle

ChemDoodle logo with white pageChemDoodle logo with white pageChemDoodle.Det råder ingen brist på program och appar för att skriva strukturformler. Jag har testat många av dem och även skrivit om dem (bland annat här och här), men ännu inte hittat en som jag är helt nöjd med. Nu har jag dock fått tillfälle att testa ChemDoodle från iChemLabs.

Jag ska erkänna att mitt första intryck av ChemDoodle inte var särskilt bra. "Doodle" är för mig en lite slarvig teckning, och jag behöver ett fullblods-program för att kunna göra de strukturformler jag vill – inte en leksak. Det visade sig att jag hade fel. Helt fel. ChemDoodle är ett mycket kapabelt program. Därför är det här inte någon uttömmande recension, utan berör bara några få punkter.

Rita strukturformler

ChemDoodle finns tillgängligt både för Mac OSX, Windows och Linux, och jag har här testat Mac-varianten. Det kan göra nästan allt som man förväntar sig av ett fullödigt strukturritarprogram. Att skriva strukturformler går snabbt och lätt. ChemDoodle har valt en lite annorlunda approach för att skriva strukturformler, där man först sätter ut en kolatom, och sedan drar en bindning från den. De flesta program jag testat innan drar alltid ut en bindning först, och sedan bygger man från den. Jag tycker att Chemdoodles approach är mer logisk, men den som vill kan ändra i inställningarna så att bindningen är den minsta (och första) byggstenen i en struktur.

ChemDoodles Molgrabber-widget. ChemDoodles Molgrabber-widget. Man kan också använda en "widget" för att hämta strukturer från ChemExper, ChemSpider eller PubChem. Man skriver in (det engelska) namnet på den struktur vill ha – t.ex. "adenine" – och vips har programmet letat upp strukturen till mig. Bara att klicka och släpa in i ritområdet. På samma sätt kan man markera en struktur som man har ritat, och snabbt och lätt få det rationella namnet på vilken fantasifull struktur man än ritat.

Det som är riktigt bra med ChemDoodle är att det är såpass lätt att rita strukturformler. Inlärningskurvan var betydligt flackare än många andra program jag arbetat med. Bindningar hamnar automatiskt i snygga 30° vinklar, och det är inga problem att vrida runt dem till exakt där man vill ha dem. Pilar och andra grafiska element håller hög kvalité.

Här är ChemDoodle som bäst

ChemDoodle är med marginal det mest användarvänliga strukturritarprogrammet jag använt hittills. Såvitt jag kan se gör programmet allt det som andra program också klarar av, men det gör det snyggare och enklare. Knappar och högerklick beter sig som man kan förvänta sig. Till exempel går det att bara högerklicka på en kolatom för att bestämma om den ska skrivas ut eller inte, eller vilket håll väteatomerna ska skrivas på. I andra program jag testat går det inte alls lika smidigt.

ChemDoodle erbjuder många visningsalternativ.ChemDoodle erbjuder många visningsalternativ.

Det är också lätt att formatera olika grafiska element i programmet. Det är helt som man kan förvänta sig: Man dubbelklickar på ett element, man kan dra i olika handtag för att kröka pilar, göra dem större eller annorlunda, flytta start- och slutpunkter och så vidare.

En riktigt bra funktion hos ChemDoodle är också dess förmåga att importera strukturfiler från andra program, och att exportera bildfiler i en mängd olika format, däribland svg och pdf (vilka är viktiga för trycksaker).

ChemDoodle kommer också med en utförlig manual (i pdf-format, förstås) på 289 sidor. Den är välskriven och välstrukturerad, vilket gör att det faktiskt är riktigt lätt att få svar på de flesta frågor man har.

Här finns utrymme för förbättringar

Några småsaker upplevde jag som lite irriterande hos ChemDoodle. Det första är ett problem som iChemLabs själva inte kan göra något åt, och det är att man kan inte dubbelklicka på en fil i Finder för att öppna den. Mac OSX förlitar sig på Oracles Java, och det är på grund av felaktigheter i denna som det inte funkar. Det ligger alltså utanför iChemLabs kontroll att fixa.

En annan sak är också helt Mac-centrerad. Apple har introducerat ett antal flerfingergester på sin trackpad. När de fungerar, är de alldeles utmärkta, men tyvärr fungerar de inte riktigt som det är tänkt med ChemDoodle. Detta är dock något som iChemLabs jobbar på att implementera. Annars är ChemDoodle det enda strukturritar-programmet på marknaden som stöder Retina-skärmar och Apples Quicklook-funktion.

ChemDoodle erbjuder många alternativ för ritobjekt i strukturformlerna.ChemDoodle erbjuder många alternativ för ritobjekt i strukturformlerna.

När det gäller ChemDoodles ritfunktioner, så beter de sig inte riktigt som jag förväntar mig av ett ritprogram. Efter att man har ritat ett objekt (som inte är en atom eller en bindning) borde man komma tillbaka till "välj"-funktionen, och inte direkt rita ett objekt till. Men nu är vi verkligen nere på detaljnivå…

Min allra sista kritik är att ChemDoodle kostar en rätt vacker slant i fullversion (nästan 1400,- kr, fast bara under en begränsad tid), och det finns ingen gratisversion för studenter eller akademiska institutioner. Det finns dock en riktigt billig version (för ungefär 170,- kr, även det under en begränsad tid) som gäller i ett halvår, och som räcker för de flesta kortvariga behov (man går till exempel en kurs i kemi på universitet/högskola och behöver kunna göra snygga strukturformler tills sina labbrapporter).

Plus och minus

+
  • Användarvänligt
  • Kan importera och exportera alla möjliga format
  • Finns till både Mac OSX, Windows och Linux
  • Kommer med en utförlig användarmanual
  • En del ritfunktioner fungerar inte riktigt som man har tänkt sig
  • En del "flerfingergester" på Mac OSX fungerar inte
  • Det finns ingen gratisversion för studenter, bara en testversion.

Min rekommendation

Även om ChemDoodle som sagt kostar en del, så finns det goda skäl att införskaffa det till skolan eller institutionen – eller som privatperson. Vad är det bästa betyget jag kan ge till ChemDoodle? Låt mig säga såhär. I augusti kommer min nästa bok, Kemi 2 för gymnasieskolan. Den innehåller en bra bit över 400 olika strukturformler. Det är med hjälp av ChemDoodle som jag har gjort dem.