I den "klassiska" modellen av hur DNA-molekylen är organiserad i kromosomer är DNA-molekylen först lindad två varv runt ett histonprotein, och sedan är detta mer och mer lindat och snurrat kring sig självt för att till slut organiseras i kromosomer. Även om de två första varven runt histoner stämmer, har resten visat sig vara mer komplicerat.

Det har visat sig att efter att DNA lindats två varv kring histonproteiner, samlar histon:DNA-komplex (nukleosomer) löst i kluster som vardera innehåller ett fåtal nukleosomer. Därefter samlar sig klustren i större strukturer som kallas nanodomäner (eng. Chromatin nanodomains, CND). Dessa innehåller 100 000–200 000 baspar.

CND-er samlas i nästa organisationsnivå, som kallas för topologiska associationsdomäner (TAD). Dessa innehåller omkring 1 miljon baspar. TAD-er bildas genom samverkan mellan en typ av kohesiner, som bildar ringar som DNA-molekylen dras in genom. På det viset bildas långa öglor av DNA, så att olika DNA-regioner organiseras i till exempel huvudsakligen aktiva gener och huvudsakligen inaktiva gener.